企业股份制改造过程中，由有限责任公司整体变更为股份有限公司时，除注册资本外的资本公积、盈余公积及未分配利润转增股本，涉及到税收缴纳问题，具体可以分以下几种情况：
一、资本公积、盈余公积及未分配利润中属于居民企业股东的部分
1、股本（权）溢价形成的“资本公积”转增居民企业股本
股票(权)溢价发行形成的资本公积金转增股本，不属于利润分配，而是股东的原始投入的不同形式转换，因此，居民企业股东不需缴纳企业所得税。
2、用非股本溢价所形成的“资本公积”和留存收益（含盈余公积和未分配利润）转增资本
用非股本溢价所形成的“资本公积”和留存收益（含盈余公积和未分配利润）转增资本进行转增时，应视同利润分配。但根据《企业所得税法》及其实施条例的规定，“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益”为免税收入。因此，企业分回2008年1月1日以后形成的利润，分回股利企业不需缴纳税款。
同时，《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税[2009]69号）规定，“2008年1月1日以后，居民企业之间分配属于2007年度及以前年度的累积未分配利润而形成的股息、红利等权益性投资收益”也是属于免税收入。因此居民企业之间利润分配时，不管是否存在税率差，居民企业股东均不需要补缴所得税差额部分。
二、资本公积、盈余公积及未分配利润中属于非居民企业股东的部分
1、股票(权)溢价发行形成的资本公积金转增股本，不属于利润分配，非居民企业股东也不缴纳企业所得税。
2、用非股票溢价形成的“资本公积”和留存收益（含盈余公积和未分配利润）转增股本，应视同利润分配。这种情况下，非居民企业是否纳税分两种情况。
1）“在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益”为免税收入。因此，这类非居民企业股东在上述条件下不缴纳企业所得税。但须注意对“在境内设立机构和场所”、“取得的股息、红利与该机构场所有实际联系”适用条件必须符合《企业所得税法》及其实施条例的规定。
2）“非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税”。这类非居民企业从居民企业取得利润分配额，属于取得来源于中国境内的“股息、红利等权益性投资所得”，按照“应纳税所得额X实际征收率”缴纳企业所得税，由利润分配企业代扣代缴。实际征收率是指《企业所得税法》及其实施条例等相关法律法规规定的税率，法定税率为20%，实际税率为10%；或者税收协定规定的更低的税率（如香港为5%）。
同时，《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）规定，“2008年1月1日之前外商投资企业形成的累积未分配利润，在2008年以后分配给外国投资者的，免征企业所得税；2008年及以后年度外商投资企业新增利润分配给外国投资者的，依法缴纳企业所得税。”因此，针对上述外商投资企业的外国投资者股东，公司整体变更时留存收益以及应纳税的其他资本公积总额，可扣除2008年1月1日之前形成的累计未分配利润后计算应纳税所得额。
三、资本公积、盈余公积及未分配利润中属于个人股东的部分
1、股本溢价形成的“资本公积”转增个人股东资本根据
《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发[1997]198号）的规定，股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。
2、非股本溢价形成的“资本公积”转增个人股东股本
《国家税务总局关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》（国税函发[1998]289号）第二条规定：《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》(国税发[1997]198号)中所表述的“资本公积金”是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金。将此转增股本由个人取得的数额，不作为应税所得征收个人所得税。而与此不相符合的其他资本公积金分配个人所得部分，应当依法征收个人所得税。
3、盈余公积及未分配利润转增股本时应当缴纳所得税。
《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发[1997]198号）规定：股份制企业用盈余公积金派发红股属于股息、红利性质的分配，对个人取得的红股数额，应作为个人所得征税；《国家税务总局关于盈余公积金转增注册资本征收个人所得税问题的批复》（国税函[1998]333号）规定：公司将从税后利润中提取的法定公积金和任意公积金转增注册资本，实际上是该公司将盈余公积金向股东分配了股息、红利、股东再以分得的股息、红利增加注册资本。因此，依据《国家税务总局关于股份制企业转赠股本和派发红股征免个人所得税的通知》，对属于个人股东分得再投入公司的部分，应按“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税，税款由股份有限公司在有关部门批准增资，公司股东会决议通过后代扣代缴。
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